Aunque hay constancia de la existencia de un archivo desde el siglo XVI, y es de prever que desde la misma reconquista de la Ciudad (siglo XIII) el cartulario de la misma sería convenientemente custodiado por el escribano de Concejo, no es hasta 1657 con la publicación de Vida y Milagros de San Eufrasio, Patrón de Andújar, por Antonio de Terrones Robles, donde se tiene conocimiento extenso de su existencia.

El Archivo Municipal constituye una fuente de investigación única para el estudio de la memoria colectiva de la vida ciudadana, así como de la propia Institución municipal en la que se integra. El Archivo Municipal de Andújar, a través de sus series y secciones documentales, aporta un testimonio del desarrollo de la vida administrativa del Ayuntamiento de Andújar y, por ende, de la marcha de la vida social, económica, política y cultural de la ciudad.
  
Sus series más relevantes son:

• La de actas capitulares o de pleno.
• Los padrones municipales (conservados desde la segunda mital del siglo XIX).
• La sección del Patronato de Beneficiencia Privada.
• La sección de Educación.

La documentación del fondo histórico es de libre acceso.

La del fondo administrativo está sujeta a la legislación vigente en materia de patrimonio documental andaluz y español y de protección de datos de carácter personal, y con carácter general se considera de libre acceso en tanto no afecte al honor y la intimidad de las personas, la seguridad del Estado o la averiguación de delitos, tal como preceptúa la Constitución.

Es precisa la presentación del TNI ó DNI para cualquier consulta.